روایت‌های مختلفی در مورد منشاء و چگونگی تکامل نینجوتسو و پیدایش نینجاها مطرح شده‌است. در افسانه‌های ژاپنی آمده که نینجاها از نسل هیولایی هستند که نیمی انسان و نیمی کلاغ بود. بر اساس بیشتر منابع تاریخی نینجاها به تدریج خود را به عنوان نیروی مخالف همتایان طبقه بالاتر خود یعنی سامورایی‌ها در ژاپن فئودال مطرح کردند و تکامل این هنر رزمی بین قرن ششم تا نهم میلادی در ژاپن اتفاق افتاد.
اثر کلاسیک نظامی چینی یعنی «سان تزو» که توسط سان وو استراتژیست معروف شده پنجم پیش از میلاد به رشته تحریر درآمده از منابع اصلی نینجاها برای تکامل هنر رزمی بود. این کتاب در قرن ششم میلادی وارد ژاپن شد و به‌طور دقیق توسط دربار سلطنتی و خانواده‌های متخاصم مورد بررسی قرار گرفت. بودیسم نیز تقریباً در همان زمان وارد ژاپن شد، پیشینیان نینجاها به دلیل گرایش به بودیسم، یاغی نامیده می‌شدند. درآن هنگام درگیری‌های شدیدی میان هواداران بودیسم و پیروان مذهب ملی ژاپنی‌ها یعنی آئین شینتو جریان داشت و این گروه‌های یاغی که بعدها به یامابوشی معروف شدند، برای حمایت از خود تمرین هنرهای رزمی و استراتژی‌های نظامی را با ترس روانی و قدرت‌های اسرار آمیز ترکیب کردند.
در اواخر قرن نهم زوال امپراطوری تانگ در چین آغاز شد. تانگ در سال ۹۰۷ میلادی کاملاً سقوط کرد و چین برای پنجاه سال در هرج و مرج فرو رفت. در این دوران تعدادی از فرماندهان نظامی چینی به ژاپن آمدند و تاکتیک‌ها و نظریات جدید جنگی را با خود به این جزیره آوردند. در دهه ۱۰۲۰ میلادی هم راهبان بودایی چینی وارد ژاپن شدند و دانش پزشکی و نظریات جنگی خود را هم که بسیاری از آن‌ها از هند ریشه گرفته و در تبت و نقاط مختلف چین تکامل یافته بود به ژاپن آوردند و روش‌های خود را به راهبان جنگجوی ژاپنی و اولین طایفه‌های نینجا آموختند.
دایسوکه توگاکوره و کاین دوشی نخستین نینجاهای بودند که برای اولین بار قواعدی را برای این هنر رزمی تدوین کرده و اولین مکتب نینجوتسو را پایه‌گذاری کردند. دایسوکه یک سامورایی شکست‌خورده بود که املاک و عنوان سامورایی خود را از دست داده بود، او بر خلاف دیگر سامورایی‌ها به جای اینکه در این موقعیت خودکشی کند در کوه‌های جنوب غربی جزیره هنشو آواره شد و در آنجا کاین دوشی یک راهب جنگجوی چینی را ملاقات کرد. این دو تصمیم گرفتند تا سبک جدیدی برای نبردهای چریکی به نام نینجوتسو را پایه‌گذاری کنند. جانشینان دایسوکه نیز نخستین نینجا ریو یا مدرسه نینجوتسو را با نام توگاکوره ریو تأسیس کردند.
نینجوتسو به این ترتیب رقیبی برای مکتب بوشیدو سامورایی‌ها شد. سامورایی‌ها وفاداری و شرافت را بر هر چیز مقدم می‌داشتند و بوشیدو سیستم رزمی آن‌ها بسیار اصیل و منسجم بود، اما روش‌های جنگی آن‌ها همیشه کارآمد نبود. برتری نینجاها درست در همین مسئله بود. نینجاها انجام مأموریت به هر شکل ممکن را بر هر چیز مقدم می‌داشتند. حمله ناگهانی، مسموم کردن، فریب و جاسوسی از نظر سامورایی‌ها ناجوانمردانه بود اما از روش‌های اصلی رزمی نینجاها محسوب می‌شد. پس از آن نینجاها در گروه‌های کوچک با در پیش گرفتن روش‌های کاملاً سری جنگی تا قرن نوزدهم خود را به عنوان نیرویی بسیار با نفوذ در کشور ژاپن مطرح کردند.
بزرگ‌ترین تجمع نینجاها در سوم نوامبر ۱۵۸۱ میلادی اتفاق افتاد. در آن روز اُدا نوبونگا قدرتمندترین رهبر نینجا ارتشی ۴۰ هزار نفره را در برابر حدود ۴ هزار نینجا که کنترل ایالت ایگا را در اختیار داشتند، رهبری کرد. نبردی که تنها تعداد انگشت شماری از نینجاهای ایگا از آن جان سالم به در بردند. از آن به بعد نینجاها توانستند با سازمان منسجمی که ایجاد کرده بودند، قدرت پلیسی مطلق را در ادو (توکیو امروزی) و دیگر شهرهای ژاپن در دست داشته باشند.
یكی از رهبران یامابوشی ها تلاش كرد كه بین پیروان بودیسم و طرفداران شینتویسم صلح ایجاد نماید كه نتیجه آن سرازیر شدن جنگجویان دولتی برای سركوبی یاموبوشی ها شد. البته این عمل نیروهای دولتی باعث شد تا یامابوشی ها یا نینجاها به تكمیل فنون رزمی و جنگی خود كه بوسیله آن در برابر دشمنان مقاومت می كردند بپردازند. در سال 1192 با شروع دوران فئودال ژاپن تعدادی از طوایف فامیلی نینجاها منشعب شدند و به چریكهای حرفه ای و نیروهای سری تبدیل شدند كه به استخدام اربابان ایـالات مختلف (دایمیوها) در می آمدند. در بین سالهای 1192 و 1333 بعد از میلاد تعداد مكتبهای نینجا به 25 مكتب با تكنیك های خاص خود رسید. در اكثر این سالها دو ایالت (كوگا و ایگا) در ژاپن توسط نینجاها اداره می شد
مهارت های نینجوتسو
نینجوتسو به هنرجوهای خود علاوه بر آموزش تکنیک های سریع و کارآمد رزمی، دفاع شخصی، نحوی مبارزه و نحوی استفاده از سلاح، به مرور زمان یکسری از فاکتورهایی که یک نینجا باید دارا باشد را هم اموزش میدهد. فاکتورهایی مانند:
• نحوه ی راه رفتن
• نحوه ی رفتار کردن
• یک نینجا در مواقع ضروری باید، بتواند به تنهایی خود درمانی را هم انجام دهد. پس باید برای انجام آن آموزش ببینند.
• شناخت اناتومی و نقاط حساس بدن
نینجوتسو ورزشی آزاد و بدون هیچ محدودیتی در انجام حرکات است اما این بدون حد و مرز بودن شامل مبارزات رسمی و باشگاهی نمی باشد. بعضی از ضربات در مسابقات نینجوتسو خطرناک و خطا محسوب می شود که مبارزان درصورت استفاده جریمه می شوند. در این رشته زرمی هم مانند کاراته و تکواندو برای ارتقاء درجه هنرجویان از کمربند استفاده می کنند، اما با این تفاوت که در نینجوتسو رنگ کمربند بعد از شماره ی کمربند ملاک درجه بندی است. در سیستم درجه بندی نینجوتسو، رزمی کاران به دو دسته کیو و دان تقسیم می شوند.
کیو
کیو 10: کمربند سفید (مبتدیان بعد از گذراندن یک الی دو ماه این کمربند را می بندند(
کیو 9: کمربند زرد
کیو 8: کمربند زرد
کیو 7: کمربند بنفش
کیو 6: کمربند بنفش
کیو 5: کمربند بنفش
کیو 4: کمربند سبز
کیو 3: کمربند قرمز
کیو 2: کمربند قهوه ایی
کیو 1: کمربند مشکی
پس از کسب کمربند مشکی رزمی کاران نینجوتسو باید برای دریافت دان خود اقدام کنند. درجه بندی دان از 1 تا 15 می باشد که هرچه به بالاتر می رود مراحل سخت تر بوده و باید یک جنگجوی سخت کوش و سریع باشید تا این مراحل را طی بکنید. مبتدیان را در این ورزش به اصطلاح شوشین شاه و اساتید را به دلیل حرفه ایی شدن در هنرهای رزمی هاتسومی سنسی می شناسند.
آموزش از مبتدی تا پیشرفته نینجوتسو به 9 بخش زیر تقسیم می شود:
1.یاد گرفتن مهارت های پایه ای
.2یاد گرفتن نظم و انضباط
.3یادگرفتن تکنیک های مقابله با حریف
.4یاد گرفتن هنر آکروبات رزمی
5.کلاس های شیدوشی کای
.6 یادگیری تمرینات مختلف
.7یاد گیری نحوه عبور از موانع
.8کاربرد سلاح در هنرهای رزمی
.9یاد گرفتن شنا در آب
لقب‌ها در نینجوتسو
- هنرجوی مبتدی آغازگر شوشین شا shoshinsha
- هنرجوی رسمی (سازمان یافته) اوچی دی شی uchi deshi
- هنرجوی بالای دوسال کارکرده کوهای kohai
- هنرجوی ارشدبالای 4سال کارکرده سن پای senpai
- کمک مربی ومربی ( مشکی دان 2) سن سی sensei
- معلم جوان (دان 3تا4) شی دوشی هو ... shidoshi-ho
- مربی باتجربه دان 5 الی 7 شی دوشی shidoshi
- ارشدمربیان دان 7الی 9 شیهان
- لقب بالاترین مسئول سبک درجهان(پدر) سوک Soke
- بنیانگذار و پایگذار روشی نوین کانچو
سلاح های مورد استفاده در نینجوتسو
از جمله سلاح هایی ک نینجوتسو استفاده می کند، می توان به موارد زیر اشاره کرد:
- نینجاتو (شمشیر نینجا(
- کاتانا
- اشیکو
- شوکو
- هوکو
- اونو
- چیگیریکی
- بو (چوب بلند(
- هانبو (چوب کوتاه(
- سای
- کاما
- جوته
- کوساری فوندو
- کوساری کاما
- کوساری تانتو
- تانتو
- نانچیکو
- ناگیناتا
- یاری
- بوکن (شمشیر چوبی(
- شوریکن
- بو شورایکن
- کونای
- تتسوبیشی
- مِتسوبیشی